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Ainda que não exista uma norma nacional fixando diretrizes para os sistemas de controle interno das prefeituras e câmaras municipais, sabe-se que a Constituição Federal fixou algumas regras que devem ser seguidas por todos os Poderes da União, Estados e Municípios.
Consoante a Carta da República, compete ao controle interno avaliar o cumprimento das metas previstas no plano plurianual, comprovar a legalidade e avaliar os resultados, quanto à eficácia e eficiência, da gestão orçamentária, financeira e patrimonial nos órgãos da administração pública e exercer o controle das operações de crédito, avais e garantias, bem como dos direitos e haveres da União, Estados e Municípios (art. 74 da CF/88).
Da análise das atribuições do sistema de controle interno, percebe-se que elas demandam imparcialidade e independência do servidor público ocupante desta função. Isto significa que o controle interno tem de fiscalizar os atos administrativos do prefeito com isenção, rigidez e autonomia. Logo, nota-se a incompatibilidade destas funções com os cargos em comissão, haja vista que estes são de livre exoneração e presumem uma relação de confiança perante a autoridade nomeante.
Em geral, os Tribunais de Contas corroboram este entendimento e se posicionam contra a possibilidade de o controle interno ser exercido por servidor ocupante de cargo em comissão. Segundo decisão do Tribunal de Contas dos Municípios da Bahia, “a unidade responsável pela manutenção do Sistema de Controle Interno Municipal, criada por intermédio de Lei local, deve ater-se apenas e tão somente à atividade de controle interno, a qual engloba as funções de controle e auditoria internos. Os servidores responsáveis pelo exercício das aludidas atividades devem ser ocupantes de cargo público do quadro permanente do órgão ou entidade”.
Para o Tribunal de Contas de Santa Catarina, o exercício da função de controle interno por servidor comissionado gera maior rotatividade na função, descontinuidade dos serviços e dependência na atuação. O conselheiro Júlio Garcia afirmou que as atribuições de controle interno “devem ser desempenhadas por servidor de carreira, para que haja garantia da manutenção de seu vínculo, mesmo quando aponte irregularidades apuradas no cumprimento da missão constitucional de fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial do ente a que está vinculado”.
Outrossim, o Tribunal de Contas do Paraná ainda é mais rigoroso, pois a referida Corte entende que “o controle interno deve ser exercido preferencialmente por servidor estável, possibilitando o exercício das funções por servidor em estágio probatório, a depender de disposição na lei local que permita essa situação”.
Portanto, podemos concluir que as funções de controle interno devem ser exercidas por servidor de carreira (efetivo), podendo a chefia do setor de controle ser atribuída a um servidor ocupante de cargo em comissão, desde que exista um departamento de controle interno estruturado e composto por auditores concursados.
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