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Como medida protetiva do patrimônio público, o Poder Judiciário poderá afastar temporariamente o agente público de suas funções, ainda que este ocupe cargo eletivo (prefeito e vereador).
Tal medida, mesmo que excepcional, foi considerada regular pelo Supremo Tribunal Federal quando decidiu pelo afastamento do então deputado federal Eduardo Cunha da função de Presidente da Câmara de Deputados e do mandato parlamentar.
Apesar deste entendimento da Suprema Corte, há quem defenda que o afastamento temporário do agente público do cargo eletivo por um longo período de tempo pode configurar uma cassação ilegítima do mandato, uma vez que tal atribuição não é originária do Poder Judiciário.
Contudo, ao analisar o afastamento de um prefeito, o Min. Ricardo Lewandowski considerou que a suspensão temporária do mandato eletivo não é inconstitucional e não caracteriza cassação ilegítima de mandato. Para o magistrado, tal medida é possível em situação de franca excepcionalidade.
Portanto, a depender das circunstâncias do caso concreto, o Poder Judiciário poderá afastar temporariamente o prefeito ou vereador das suas funções, ainda que tal medida permaneça por razoável período de tempo.
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