Ainda que a saúde seja um dever do Estado (União, Estados e Municípios) e que os entes federativos devam investir um mínimo de recursos nas ações e serviços públicos de saúde, não se pode olvidar que os municípios possuem autonomia administrativa, orçamentária e financeira. Logo, a criação de um Fundo Estadual de Saúde com recursos obrigatórios do município é inconstitucional.
Este entendimento foi definido pelo Supremo Tribunal Federal quando do julgamento da Ação Direta de Inconstitucionalidade nº 4597. Segundo o STF, não cabe à unidade federativa estadual editar norma que afete a liberdade de destinação das receitas municipais, ainda que provenientes da arrecadação de tributos do estado. Noutras palavras, o Estado não pode apropriar-se e administrar recursos que não lhe pertencem.
Portanto, norma estadual que obrigue os municípios a contribuir financeiramente para a formação de um fundo de saúde não condiz com os princípios constitucionais. Entretanto, isto não impede que o ente municipal, de livre e espontânea vontade, contribua para a formação de fundos ou consórcios estaduais de saúde.
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